Iwatani Naofumi un joven universitario y otaku, se ve transportado repentinamente a un mundo desconocido después de leer un libro de fantasía que encontró por casualidad. Él, junto a otras tres personas, ha sido invocado como uno de los Héroes Legendarios que salvaran al mundo de las "Oleadas de la Calamidad". Desde ese momento, Naofumi, como el "Héroe del Escudo" deberá prepararse para cumplir con su destino. Pese a que inicialmente se siente menospreciado, Naofumi esta ansioso por iniciar su aventura en este mundo fantástico. Sin embargo, ese presentimiento se hace realidad cuando Naofumi es acusado falsamente. Despreciado y humillado; incluso por los demás héroes, las aventuras del Héroe del Escudo y su misión para salvar al mundo darán inicio con un corazón traicionado, lleno de odio y deseos de venganza.

La historia se centra en los estudiantes de una escuela de Tokio fundada por el gobierno japonés con el fin formar a los jóvenes que en el futuro serán el sustento institucional del país. La metodología de la enseñanza de esta escuela es poco convencional, puesto que los estudiantes residen en la misma, apartados del resto de la sociedad, y por medio del estudio y su comportamiento se autosustentan, utilizando puntos de calificación como dinero. La clase se divide en cuatro categorías (A, B, C y D), en el que la A es la de mayor nivel de inteligencia y destreza, y la D siendo la de menores atributos. El principal enfoque se realiza sobre Kiyotaka Ayanokouji, un estudiante misterioso que busca la manera mas pacífica de coexistir con sus compañeros, y su relación con éstos, en especial con su compañera de clase, Suzune Horikita.