Sayaka Tsumiko è una delle tante ragazze su cui Orochimaru ha compiuto i suoi folli esperimenti. Dopo vari tentativi, il ninja è riuscito a creare un ibrido perfetto tra un umano e un'aquila. La ragazza, infatti, possiede una vista incredibilmente sviluppata, un morso di ferro e le ali che le crescono a partire dalle scapole le consentono di librarsi in volo. Tuttavia, il suo corpo rigetta in parte quelle trasformazioni e la porta a tossire continuamente sangue. Di fronte alle grida di dolore della ragazza, Orochimaru sente crescere per la prima volta un sentimento sconosciuto dentro di sé: il rimpianto.

Quando la sua famiglia viene brutalmente sterminata, Yumi Mikai si ritrova senza un posto dove stare. Fugaku Uchiha, seguendo le ultime volontà di sua madre, decide di prenderla con sé e istruirla affinché completi la sua formazione da ninja medico. Una volta inserita nella vita familiare, però, Yumi verrà inaspettatamente attratta da una presenza sfuggente della casa. Il suo nome è Itachi Uchiha.

Akira è una giovane kunoichi dalle abilità incredibili il cui passato risulta totalmente sconosciuto. Dopo aver abbandonato il villaggio della Foglia per trasferirsi in quello del suono, Orochimaru le chiede di tornare al suo luogo di nascita per assistere alle prove di selezione dei nuovi chunin. Una volta arrivata al villaggio della Foglia, però, la ragazza si imbatte in una vecchia conoscenza che potrebbe interferire con la sua missione e costringerla a cambiare i suoi piani. Questa conoscenza altri non è che Kakashi Hatake, il suo vecchio compagno di squadra. Quali sorprese le riserva il destino?