Tras el Tercer Impacto, Shinji vagó por la tierra por un periodo indefinido. Su mente estaba perdida, tanto que había olvidado su nombre; todo lo que sabía hacer era avanzar hacia adelante. Un día se topó con el cuerpo de Asuka, lo que le hizo recuperar sus recuerdos. Tras una agónica secuencia de imágenes en su mente, quedó horrorizado y deseó nunca haber recobrado sus recuerdos, sin embargo, esto lo hizo darse cuenta de que solo él tenía el poder para cambiar su destino, debía participar activamente, no solo ser un espectador. Sin embargo, era muy tarde, toda la vida en la tierra se había extinguido. En ese momento, lleno de lágrimas y arrepentimiento, Rei y Kaworu se aparecen ante él y le ofrecen la oportunidad de regresar al pasado.