Suite à la destruction de XANA, nos héros ont repris une vie normale. Yumi est en couple avec Ulrich et Aelita avec Jeremy. Odd, lui est toujours célibataire. Ils décident donc, d'aller tous à la fac. Mais pour cette première année à la fac, beaucoup de choses se produiront. Qu'adviendra-t-il des couples présents? ...
Quelques années sont passés, XANA est vaincu. Aelita, Odd, Yumi, Ulrich et Jeremy profitent tout en menant leur étude. Arrivée en Terminale, les Lyokoguerriers se retrouveront confrontés à quelque chose qui pensait ne plus jamais revoir, qui pensait ne plus à l'affronter. Mais il est bel et bien de retour. Il a un nou...
Cette fiction se passe après la saison 4. (Évolution non compris) 6 mois après avoir détruit X.A.N.A, l'intelligence artificielle, lors d'un violent combat sur terre. Des signes de son retour se font voir au collège Kadic. Aelita arrive se remettre de la mort de son père, pendant qu'elle tapait les dernières lignes du...