Noong 2020, kinid-nap ng mga tauhan ng Abstergo Foundation si Andrew Janea upang mahanap ang kanyang ninuno at matunton ang nawawalang piraso ng Eden na tinatawag na Gintong Kampilan. Noong panahon bago dumating ang mga Kastila, isang mandirigma-assassin mula sa Opong (Isla ng Mactan) na nagngangalang Habagat ang nagtagumpay laban sa Portuguese Templar at manlalakbay na si Ferdinand Magellan noong 1521 sa Labanan sa Mactan. Siya ay sinanay ng kilalang bayani ng Pilipinas na si Datu Lapu-Lapu upang maging isang assassin sa ilalim ng kanyang pamumuno. Pinrotektahan niya ang Sword of Eden sa buong buhay niya. Ipinasa niya ito sa susunod na henerasyon ng mga Assassin upang pigilan ang mga Templar na gamitin ito upang kontrolin ang mundo.