Từ sau đợt nổi loạn của Seija và các tang thần cụ, Gensokyo trở lại yên vui như xưa nhưng bỗng đến một lúc, hàng loạt những sự kiện kì lạ khác nhau liên tiếp xảy ra. Cả vùng đất bị nhấn chìm trong màn sương trắng xóa không rõ nguyên do. Trật tự Gensokyo bỗng trở nên rối loạn, cuộc chiến đẫm máu giữa tiên lữ, tiểu yêu tại Trúc lâm. Hay cả lời đồn về một thích khách lạ mặt cầm trên tay lưỡi hái tử thần tàn sát sinh linh vô tội vạ. Hơn hết chính là giấc mơ của Reimu về vận mệnh Gensokyo. Liệu ai là chủ mưu?