Nossa história continua com uma Sakura sem memória e um Itachi doente. Atualmente Konoha foi praticamente tomada por Danzo, Orochimaru e seus seguidores. Mas, um inimigo ainda mais perigoso sonda cada movimento da aldeia pelas sombras. Muita coisa vindo por aí. Então apertem os cintos, a coisa vai ser bem mais complicada que se pode imaginar.