Ketika petualangan gadis-gadis Gensokyo terjadi di dunia modern, di mana segala hal yang biasa terjadi dianggap sebuah mitos. Tetapi bagaimana jika mitos bukanlah mitos? Hidup para gadis-gadis Gensokyo yang tadinya tentram, berubah kembali seperti dahulu. Pertemuan kembali dengan mereka yang sudah lupa maupun ingat akan menjadi pemicu petualangan serta pertempuran baru bagi Reimu, Marisa, dan teman-temannya.