Connor Scott- typowy nastolatek, który wmieszany zostaje w międzypokoleniowy konflikt dobra i zła- sporu Asasynów i Templariuszy. Porwany przez tajemniczą instytucję Abstergo, przeżywa wspomnienia swojego przodka, które są na wagę złota dla Templariuszy, ponieważ pomogą im w zlokalizowaniu Fragmentu Edenu- potężnego artefaktu pozostawionego przez Prekursorów. Tylko od chłopaka zależy, czyją stronę wybierze...

Stojąc nad zimniejącym, nieruchomym ciałem mego mentora, byłem przekonany, że to koniec. Że już wszystko za mną, wypełniłem swe zadanie, a ostatnia rzecz, najwidoczniej celowe nakierowanie mnie na trop spisku templariuszy, to błąd ze strony ich Mistrza. Że ich pogrom to czysta formalność, błahostka, którą zająć się mogę wraz z kilkoma ledwie mi znanymi osobami. Że przyjaciele staną za mną murem, nie napotkam trudności i same przyjazne twarze. Byłem naiwny. Jak zawsze.