Pit el comandante de las tropas de la diosa Palutena, en una guerra contra un ser que amenazaba la existencia, es teletransportado al reino devastado de Hyrule por error, encontrándose en el camino con varias nuevas experiencias, siendo ayudado por Link el héroe de Hyrule, juntos encontraran la manera de regresar a Pit a casa y salvar el reino de Hyrule. En esta aventura veremos como la relación de Link y Pit va fortaleciéndose al punto que nuestro comandante empezara a descubrir un sentimiento nuevo y confuso por nuestro héroe.