Cerita ini mengisahkan seorang elemental jahat telah terlepas dari penjara yang telah sekian lamanya terkurung di situ Dan berhasrat untuk membalas dendam. Tiada sesiapa yang boleh menghalangnya kecuali seorang daripada keturunan kuasa elemen terakhir Dan Boboiboy termasuk dalam golongan tersebut...Jadi Boboiboy mesti meningkatkan kusannya dengan mempelajari rahsia kuasa elemen daripada guru elemen tehebat... (Cerita ini hanyalah sebuah AU selepas Boboiboy The Movie dan Boboiboy Galaxy) DISCLAIMER I'm don't own Boboiboy, Boboiboy belongs to Animonsta Studio/Monsta