Connor Scott- typowy nastolatek, który wmieszany zostaje w międzypokoleniowy konflikt dobra i zła- sporu Asasynów i Templariuszy. Porwany przez tajemniczą instytucję Abstergo, przeżywa wspomnienia swojego przodka, które są na wagę złota dla Templariuszy, ponieważ pomogą im w zlokalizowaniu Fragmentu Edenu- potężnego artefaktu pozostawionego przez Prekursorów. Tylko od chłopaka zależy, czyją stronę wybierze...

Alex Mitchel jest pracownikiem Abstergo Industries w Nowym Jorku. Wiedzie on szczęśliwe życie, dopóki nie odkrywa przenośnej wersji Animusa- urządzenia, które pozwala przeglądać wspomnienia przodków zapisane w DNA. Jak przeszłość wpłynie na Alexa i czyją mężczyzna wybierze stronę?

Tajne laboratorium Abstergo w Nowym Jorku pracuje nad klonem Isu- stworzeniem, które ma zastąpić fizyczne ciało Juno, która błąka się po serwerach w formie cyfrowej. Ruch oporu na czele z Connorem i Alexem został zdziesiątkowany po ostatniej walce, jednak nie poddaje się, szukając sprzymierzeńców do dalszych starć przeciwko Templariuszom. Klon Isu wydostaje się jednak z kompleksu badawczego, co stanowi zagrożenie dla świata. Teraz obydwie strony konfliktu muszą zapobiec nadchodzącej wojnie.