Link et Zelda, amis d'enfance, repartent de nouveau en guerre contre Ganondorf. Ils n'imaginent pas à quel point cela va les changer. À travers de nombreuses rencontres et aventures, ils vont mettre fin une bonne fois pour toute à la malédiction qui pèse sur la lignée du héros du temps. Même si il faut en mourir.