Reploids can not dream, but Professor Gaudile did. He had a dream about a young Reploid boy swimming in the oceans were Giga City once laid. Worried and struck with inspiration, the professor set out to create such a Reploid and named him Thetis. Now Thetis has a dream. With the help of Marino and Cinnamon (now renamed Minas), Thetis sets to clean the oceans where Giga City was laid. A rather rough project at first, but with the aid of a certain Biometal, Thetis believes that he can clean the oceans so those that belong in water will return. However, a certain Reaper and Witch are looking for the stolen Biometal. Will they stop Thetis from completing his mission, or will the young Reploid be able to achieve his dream?

Secuela de Megaman ZX: Una nueva leyenda y una nueva pelea Después de derrotar a Hades y conseguir los 9 biometales, la ciudad y su trabajo de hunter se vuelven mas tranquilos, aún hay algunos ataques mavervck pero son resueltos rápido, Taíko y su compañera (Deliah valga la redundancia) siguen ayudando a proteger a la gente junto a los demás, un día mientras Taiko estaba caminando es llevado por un portal de tiempo llevandolo a la época donde exisitian X,Zero y los demás mavericks hunters, junto con ellos viejos rivares vuelve y también enemigos. ¿Quien es la mente maestra de traer a nuestro heroe al pasado? ¿Podra regresar a su época y que experiencia traerá al ver a los héroes del pasado? Descubran lo en esta nueva temporada

Pasaron 10 años después de los acontecimientos de la saga zero. Todo vivía en paz en La Nueva Neo Arcadia en donde vive él héroe legendario, Zero y con su esposa, Ciel e hijos mellizos Erzo y Jayla de 15 años. Pero algo interrumpe su paz por una mujer que busca venganza por un pasado trágico. Creando el modelo W. Pero Ciel creo los 6 biometales para dárselos a sus hijos, Pero Ciel y Zero son secuestrados por la mujer y roba los biometales (exceptuando el modelo Z y X) llevándoselos al pasado en donde X vivía por medio de una máquina del tiempo. Erzo y Jayla están decididos para buscar a sus padres con ayuda de su padre del pasado, X, y Axl, destruir los modelo W y volver a la paz.

Altlas la portadora del modelo F encuentra a un laboratorio con un misterioso reploid.