Emmet Mills, um garoto de 19 anos, universitário, possui uma vida um pouco solitária tanto em casa quanto na universidade, seus pais são médicos e nunca tiveram tanto tempo para ele. Emmet se questiona o porque as pessoas são tão competitivas e frias no meio acadêmico, isso acaba deixando-o desmotivado e se questionando qual o seu lugar no mundo, já que ser gentil e prestativo não está trazendo nenhum retorno. Paralelo a isso ele começa a descobrir estranhos acontecimentos ao redor do mundo que o levam a pistas de onde está localizado o país das maravilhas. O mundo subterrâneo vive um momento novo, onde as rainhas vermelha e branca dividem o reinado, no entanto, o lugar tem seus segredos e não é totalmente conhecido. Após a saída da Alice, as coisas mudaram, nas terras do norte habitam seres que ameaçam todo o país, afinal, eles conhecem o passado das rainhas e usarão isso para realizar sua próxima jogada.

Nesta sequência de "O primeiro garoto a encontrar o país das maravilhas" Emmet acaba descobrindo que não é o único a vivenciar uma experiência em um lugar inusitado e que tais consequências podem levar diretamente a novas pistas de onde está localizada a nova entrada para retornar ao país das maravilhas. No entanto, há algo sombrio e perigoso manipulando os espelhos que permitem a passagem para o mundo subterrâneo. Salvar as rainhas é a prioridade inicial, mas uma nova peça se moveu no tabuleiro e a próxima ameaça fará sua jogada.