El Mundo Digital enfrenta una crisis sin precedentes desde que los Primerizos murieron en manos del corrupto Rey Drasil. La Digievolución está prohibida, la libertad negada, y la desobediencia es castigada con la muerte. Los que se oponen crearon la Legión de los Mavericks, un grupo rebelde que lucha contra la opresión por parte de las Autoridades de los Royal Knights. Los Mavericks, al ser incapaces de Digievolucionar, sus esfuerzos son escasos; afortunadamente, una misteriosa fuerza recurrirá a cinco jóvenes humanos para ayudarlos a vencer la guerra, y restablecer el equilibrio del Digimundo.

Amon, el Guardián del Primerizo Miklaztemon, da por culminados los preparativos de 300 años que le permitirían reencontrarse con Aursenimon, una pecadora ignorada por los dioses incluso después de la muerte. Entre tanto, Sayu Natsume, una dulce aprendiz de miko proveniente de Osaka, Japón, es invocada a una dimensión paralela donde las energías positivas y negativas se manifiestan físicamente. Tendrá que enfrentarse a las fuerzas del mal mediante las sagradas prácticas de la Secta Observer, y resolver el misterio de su presencia en dicho lugar.