Nach einer Tragödie werden die Geschwister Kai und Nya voneinander getrennt. Während Nya als Samurai X das Ninja Team unterstützt, lebt Kai mit seinen Adoptiveltern in einem Schloss. Am Abend wird er vom Ninja Team entführt und dazu gezwungen sich zum Ninja ausbilden zu lassen. Doch mit seinem Aufenthalt findet er nicht nur seine verlorene Schwester wieder sondern trifft jemanden der sein Leben für immer verändern wird.