En el año 2003, el Digital World se vio afectado por una crisis sin precedentes, la cual desembocaría en la exterminación masiva de los Digimon considerados indeseables, de acuerdo con las directivas del "Proyecto Ark". El Old Digital World, como se le empezó a llamar desde entonces, transformado en un reino de muerte no apto para la vida, fue sellado en las profundidades del Dark Area. Sin embargo, 16 años más tarde, lo impensable ocurrió: señales desconocidas provenientes de aquel desierto olvidado. Esto hizo que el administrador del Digital World ordenara a los Royal Knights ir al sitio para investigar, sin sospechar que así le estaba dando inicio a una crisis incluso más grande que la anterior...

Corren los años 80 y sin que nadie lo esperase, aparece un grial en el centro de Tokio. Diferentes magos se preparan para reclamarlo junto a sus servant, sin saber que el grial llegó acompañado de algo mas...

Hace 200 años, una familia de magos en Sudamérica se hizo con el misterioso objeto conocido como el Santo Grial, un objeto casi Omni-Potente, sin embargo este requiere de un ritual para ser activado. Aquel ritual consiste en una batalla donde 7 personas combatirán junto a "Servants", entidades que han dejado su huella en la historia para así cumplir sus propios deseos por aquel objeto Corre el año 2008, el cabecilla actual de esa familia de magos, un poderoso empresario de la ciudad costera de Cherican, ha dedicado mucha de su fortuna en asegurar su victoria en esta contienda. En la batalla donde solo uno puede salir victorioso, existe una miríada de posibilidades que no podrán ser controladas, aún por el mismo destino.