Ha pasado 1 año desde la batalla con Bowser, Mario y Sonic, se encargan de detener simples problemas como asaltos, ó incendios, etc... Será la búsqueda de las míticas Chaos Emeralds, que Mario y Sonic dejarán de tratar con problemas normales, para soluciónar problemas más fuertes, aumentando sus poderes y fuerza, estos héroes seguirán con sus aventuras