Aquí vamos a ver la historia de 3 humanos que llegan a el mundo de los Pokémon y junto a sua amigos deberán salvarlo de las garras de la oscuridad y sombras...si no pueden salvar este mundo ambas dimensiones se verán sumidas en Tinieblas

La historia de Clannad se enfoca en la vida de Okazaki Tomoya, un chico de instituto que cursa el ultimo año; algo decepcionado con su propia vida, no tiene las mismas preocupaciones que los demas chicos de su edad. Un dia camino al instituto se encuentra con Furukawa Nagisa, una chica algo exotica que tiene como costumbre hablar consigo misma. Estos dos personajes se hacen amigos y desencadenan hechos extraordinarios.