Leonardo, Raphael y Donatello pierden a Miguel Ángel en un incendio y deberán seguir sus vidas adelante sin él, sin embargo, no esperan obstáculos que harán una aventura esta historia. Conocerán nuevos amigos, sentimientos secretos del pequeño Mikey, nuevos enemigos y reencuentros de la infancia, una historia llena de romance, acción y sorpresas.