Les lieutenants Naruto, Sasuke et Sakura font partis de l'équipe 7 de la KIA. Un soir, ils ont un meurtre étrange à résoudre. La victime à un nuage rouge dessiné avec son propre sang sur son corps. Ce nuage rouge va ramené à la mémoire de Naruto des moments douloureux. Epaulés par le docteur Hyûga, nouveau médecin légiste, ils vont se lancer dans cet enquête avec appréhension.