En una región habitada solo por las fantásticas criaturas conocidas como Pokémon, donde existen diversos reinos y ciudades que mantienen una frágil pero duradera paz, un joven Mudkip sueña con convertirse en un valiente aventurero y explorador. Para lograr ese objetivo, buscará ser admitido en la prestigiosa Academia Plateada, donde podrá aprender todo lo necesario para conseguir su sueño. Junto a un enigmático Snivy y otros amigos, el joven Mudkip se esforzará a diario con sus clases y aprendizajes para lograr su objetivo. Lo que todos ignoran es que los tiempos pacíficos están por terminar. Viejas tensiones resurgen, maleantes y renegados aguardan en las sombras y los salvajes campan a sus anchas en los territorios fuera de las ciudades. Un inesperado enemigo acecha, poniendo en peligro a toda la región.