Después de cinco largos años fuera de su hogar, cumpliendo con su papel como ANBU y aliado en la guerra de Kirigakure no Sato, Naruto vuelve a Konohagakure cuando las puertas de los temidos exámenes chūnin están sobre los genin. Pero su vuelta a su hogar, solo será un detonante para que los oscuros planes de un Sannin traidor, una organización criminal de rango S y un concejal interrumpan su merecido descanso. Senju Naruto vuelve a su hogar, y está dispuesto a protegerlo...a costa de su vida misma.

Después de que Naruto quedara inconsciente tras su batalla con Sasuke en el Valle Del Fín, se despierta en una guarida muy oscura, al levantarse de la cama comienza a caminar a través de la oscura guarida y se encuentra con un hombre muy viejo sentado en una silla que parecía proporcionarle chakra, Madara Uchiha es el nombre del hombre que cambió las ambiciones, el sueño y el destino de Naruto después de que este le confesará que es su abuelo.