Família Cipher se passa em Gravity falls em uma realidade totalmente diferente da que nós conhecemos, Bill cipher é o irmão do meio tendo 17 anos, Will cipher é o irmão mais novo tendo apenas 16 anos e Kill cipher é o irmão mais velho tendo 18 anos. Não se sabe de onde vieram muito menos quem são seus pais, só o que se sabe é que esses irmãos são únicos, em seus desejos, suas formas de pensar e agir. Will e Bill moram em Gravity Falls enquanto Kill está em uma viajem a 2 anos sem dar notícias, mas Bill e Will sabem que ele está vivo. Quem cuida de Bill é Stan, e Will tem um contrato com os irmãos Gleeful que infelizmente abusam da bondade dele de inúmeras formas diferentes. Bill e Will tentam levar uma boa vida na cidade de Gravity falls convivendo com todos da melhor maneira possível, quase toda a cidade conhece os irmãos Cipher, Will é o preferido de muita gente enquanto Bill não agrada a todos pelo seu jeito orgulhoso. E assim ambos tentam levar uma vida tranquila, até que algo faz revirar suas vidas totalmente de cabeça para baixo de uma hora para outra, e os irmãos não estavam preparados para tamanha reviravolta.

Depois de viver uma grande mudança em sua vida, Gaby parece ir bem, até que alguém do seu passado volta e ela tem que ser forte pra não sumir novamente. Com a ajuda de seus amigos ela entende que o melhor a fazer é perdoar, mesmo sendo uma tarefa difícil.