Makoto Naegi es un estudiante cualquiera que al entrar a Kibougamine creará lazos con sus nuevos amigos de la academia, pero en especial el estará interesado por una chica de pelo lavanda llamada Kyoko Kirigiri, el le brindará toda su confianza y todo lo que esté a su alcance,en capitulos mas adelantes Kyoko y Makoto...
En la isla Jabberwock, un juego de matar está en marcha. El director Monokuma ha atrapado a dieciséis estudiantes para luchar por sus vidas para salir de aquí con vida. ¿Qué secretos surgirán? ¿En quién podemos confiar? Sigue la vida de Hajime Hinata, Chiaki Nanami, Nagito Komaeda y el resto de sus compañeros de clase...
Danganronpa If es una historia alternativa que se puede obtener cumpliendo ciertos requisitos en el "1°er juego". Que es en donde se habla de, ¡Que es lo que hubiese pasado si..! Naegi Makoto lograba recuperar la memoria antes de que comenzara el primer asesinato y evitar la muerte de Ikusaba Mukuro; Y posteriorm...