La grande guerre ninja qui opposa l'akatsuki au 5 grandes nations ninja est terminer.Malheuresment tout les anciens menbres de l'akatsuki à l'exception de Pain et Itachi sont revenu à la vie avec l'aide de Kabuto et sont toujours aussi puissant. Cela va faire maintenant 6 ans que la guerre est finie et que l'Akatsuki se cache... Peu de temps après la guerre, Naruto quitta brusquement le village sans donner de raison. Et c'est 6 ans après que notre héros réapparait au village. Changé, grandi, puissant...