Cuando el plan de venganza de las Dazzling falla catastróficamente, terminan provocando la llegada de ocho poderosas guerreras de diferentes universos. que aparecen de repente en el Mundo Humano de Equestria. Ellas junto con las Rainbooms deben hacer equipo para impedir que un mal terrible azote al multiverso y regresar a salvo a sus mundos. Posibles Spoilers sobre las Nexus Girls.

El inicio de la pesadilla. Cuando Dark Matter encuentra las Gemas del Infinito, decide que va a reiniciar el Multiverso y crear uno en donde ella sea la que gobierne todo.

En esta precuela tras un robo fallido de Carmen Sandiego, ella y la ex-comandante Tempest Shadow encuentran accidentalmente el secreto de la Reina Chrysalis: El Proyecto CHRYS

Todo el Multiverso ha sido despedazado y reforjado en la singularidad conocida como Neoquestria. Las Mane 6 ahora asumiendo forma humana, junto con Sunset Shimmer y Starlight Glimmer deberán encontrar la forma de restaurar todas las realidades y devolver el equilibrio entre los mundos. Y a pesar de las circunstancias; no estarán solas.

Segundo Arco de Equestria Nexus Girls 2. Una vez que las Mane 8 formaron y encontraron nuevas amistades, un mensaje de Twilight le indica que deben buscar las seis Gemas del Infinito y usar su poder para restaurar el equilibrio en el Multiverso. Habrán grandes sorpresas e importantes revelaciones. Ahora también con la adición de algunos OC's que aparecerán para darles una mano a las Mane 8.

Tercer y último arco de Equestria Nexus Girls 2. Ahora que las chicas han obtenido las Gemas, todos los Equipos se unirán para detener de una vez por todas a la Emperatriz Dark Matter. Revelaciones. Sorpresas. Combates finales. El destino del Multiverso, todo depende de la Nexus Girls.