Nachdem Shinji, Asuka und Rei den letzten Engel besiegt hatten, war kein Nutzen mehr für die Evangelions zu finden. Das Projekt wurde stillgelegt und die EVAs deaktiviert. Nach einigen Jahren treffen sich die ehemaligen Piloten in einem Café in Tokio-3. Doch was geschieht hätte niemand von ihnen erwartet.