Sono oramai passati mesi e mesi da quando Shinichi é sparito nel nulla a parte quando si fa vedere qualche mese. La piccola Ran aspetta ancora con ansia il suo ritorno senza sapere che lo ha accanto ogni giorno. Shinichi Kudo, oramai da mesi conosciuto come il bambino Conan Edogawa, vorrebbe tanto rivelare alla ragazza di cui é profondamente innamorato la sua vera identità e i suoi sentimenti. Ma, anche se l'organizzazione degli uomini in nero é stata fermata, un antidoto per farlo tornare adulto non é stato trovato e Conan ha paura che qualche membro degli uomini in nero sia ancora in giro.