De reis van Sem en Danique is nog niet over! Dit keer reizen ze door de regio: Johto. Maar wanneer ze in Johto aankomen, maken ze kennis met een mysterieuze jongen genaamd Silver. Daarnaast zijn Jessie, James en Meowth ook in Johto, en ze zorgen zoals gewoonlijk voor veel problemen. Zullen hun erg in de weg zitten? Of kan Sem zonder problemen naar de Johto League komen? En gaat Sem de Johto League wel winnen?

Sem mag eindelijk een Pokémon uitkiezen om zijn reis te beginnen. Danique vergezeld hem op zijn reis door de regio: Kanto. Met z'n tweeën zullen veel avonturen meemaken. Met Team Rocket achter de Pikachu van Sem aan, zal voor erg veel problemen zorgen. Zal alles goed gaan? En zal Sem de Indigo League winnen?