Katsuki Bakugo encuentra una fábrica abandonada y dentro de un ordenador, conoce a Deku. Con la ayuda de sus amigos, Shoto, Keigo e Inasa, intentaran hacerle frente a SHIGARAKI, un virus informático que despierta cuando Katsuki enciende el superordenador. Además, trataran de traer de vuelta a la tierra a Deku, quien está atrapado en ese mundo virtual llamado Lyoko. Todo esto, mientras cada uno intenta entender sus sentimientos amorosos.