Pocos años después de los acontecimientos de Halo Wars, el UNSC Spirit of Fire se encuentra por encima de la órbita de un mundo desconocido sin ninguna pista de dónde están y qué los trajo aquí. Ante un nuevo obstáculo, la tripulación del Spirit of Fire desciende sobre el mundo donde se encuentran con nuevos aliados y enemigos, junto con una reliquia del pasado, mientras intentan encontrar el camino de regreso a casa.