Depuis le début de l'histoire d'Inazuma Eleven, il y a eu beaucoup de perturbations temporelles à travers les dimensions, et cela va causer un événement catastrophique qui mettra en danger l'univers entier.. Cette fois-ci, nos footballeurs préférés devront voyager à travers le cosmos et les différents mondes parallèles afin de former la meilleure équipe de football que l'univers aie jamais connu!