Le temps a passé, depuis la fin de Latios et Latias XI. La vie a repris son cours normal, et désormais, la paix régnait. Mais alors que le bonheur s'empare de chacun en apprenant le retour de quelqu'un qu'ils pensaient parti à jamais, un événement inattendu se produit, qui pourrait bien signer le début d'une nouvelle, et peut-être dernière, aventure.