Para Natsu Dragneel, el programa de verano para alumnos sobresalientes es una oportunidad única, sus amigos nunca comprendieron su fascinación por la historia y la ciencia, pero en el Colegio Preparatorio Sabertooth, esas preferencias están a la orden del día.
Al llegar al lugar, se encuentra con que la residencia a la que debía ir ha sido cerrada, por lo cual todos los estudiantes se ven forzados a quedarse en Fairy Tail, lo que solía ser un hospital psiquiátrico.
Cuando Natsu y sus nuevos amigos, Lucy y Sting, comienzan a explorar los pasillos y el sótano oculto del lugar, descubren secretos escalofriantes sobre lo que realmente ocurría allí, secretos que los vinculan a ellos con el oscuro pasado del hospicio.
Fairy Tail nunca fue un instituto para enfermos mentales comunes: alojó tanto a psicópatas como a homicidas, sujetos sumamente peligrosos, y hay hechos y prácticas aberrantes que saldrán a luz.