Drama City Hunter diawali dengan kejadian tewasnya ayah Lee Yoon-sung (Lee Min Ho) yaitu Park Moo-yul (Park Sang-min), oleh pasukan elit negaranya sendiri hanya untuk menutupi rahasia yang dimiliki oleh 5 politisi kotor. Lee Jin-pyo adalah rekan Park Moo-yul yang selamat dari insiden itu. Ia bertekad itu membalas dendam atas kematian rekannya. Untuk mensukseskan rencananya, Jin-pyo tega menculik Yoon-sung yang masih kecil. Jin-pyo kemudian membawa Yoon-sung yang masih kecil ke pedalaman Thailand untuk dilatih ilmu bela diri sehingga ia ahli dalam petarungan menggunakan senjata maupun tangan kosong. Namun tak sampai disitu saja, yoon-sung juga dikirim ke MIT Amerika Serikat untuk mempelajari ilmu teknologi informasi dan mengoperasikan alat-alat canggih yang nanti akan berguna untuk misi balas dendamnya. Setelah bertahun-tahun akhirnya Yoon-sung kembali ke Korea untuk melancarkan misi utamanya. Ia mencoba untuk mendaftar sebagai anggota TI istana kepresidenan. Denga keterampilannnya yang sekarang, Yoon-sung berhasil masuk menjadi anggota tim IT Blue House (istana kepresidenan). Dengan berhsilnya masuk kedalam jajaran istana kepresidenan, Yoon-sung bisa memanfaatkan posisinya tersebut untuk balas dendam kepada 5 politisi tersebut. Namun ketika menjalani misi balas dendam itu, ia malah jatuh cinta kepada Kim Na-Na (Park Min Young) yang merupakan pengawal Blue House. Jin-pyo pernah meminta Yoon-sung untuk tidak jatuh cinta kepada wanita selama misi berjalan karena akan merusak rencana balas dendamnnya. Namun dengan keadaan yang rumit seperti saat ini membuat Yoong-sung menjadi gelisah dan kebingungan mana yang harus ia pilih, melanjutkan misinya atau mengejar cintanya?