Connor Scott- typowy nastolatek, który wmieszany zostaje w międzypokoleniowy konflikt dobra i zła- sporu Asasynów i Templariuszy. Porwany przez tajemniczą instytucję Abstergo, przeżywa wspomnienia swojego przodka, które są na wagę złota dla Templariuszy, ponieważ pomogą im w zlokalizowaniu Fragmentu Edenu- potężnego artefaktu pozostawionego przez Prekursorów. Tylko od chłopaka zależy, czyją stronę wybierze...