La historia transcurre al culminar la tercera guerra mundial. El mundo quedó envuelto en caos, miseria y destrucción, debido al armamento nuclear que se utilizó. Los países que sobrevivieron se unieron y formaron un equipo de rescate llamado Anticrisis y la organización Neo Génesis, que busca restablecer el orden mundial, sin embargo como la tierra está en estado deplorable, Neo Génesis propuso la colonización del espacio digital (Digimundo) y por esta razón establecieron una base militar en File City, en donde vive el protagonista. Noir, es un joven de cabello turquesa que tendrá la misión de proteger la Ciudad, junto a Rouge, Violet y Bleu, con ayuda de sus compañeros digimons.