109 parts Complete Storia completamente inventata prendendo spunto dalla trama di Yu-Gi-Oh! Zexal e anche prendendo in 'prestito' altri personaggi di altri anime famosi e non.
Questa storia vede come protagonista Nicol, recentemente trasferita ad Heartland City, che cosa le riserva il futuro?
Ma sopratutto che passato ha?
La storia contiene molte differenze rispetto a gli anime da cui provengono i personaggi, infatti come base ci sono solo gli avvenimenti di Yu-Gi-Oh!Zexal.
1. L'inizio della Storia: come iniziò la storia? Che cosa si ottiene dall'incontro di tre Anime che hanno un Destino condiviso?
In questo capitolo si ha la storia dell'anime, con i personaggi cambiati ovviamente.
2. Invasione bariana: la storia si ripete, cosa faranno i nostri eroi: Kite, Reginald e Nicol? Riusciranno mai a sconfiggere i nuovi nemici?
3. Sette Maestri della Luce: Kyubey ha iniziato a muoversi, dopo la sconfitta dei bariani e di Tron e Faker ha deciso di muoversi da sola per riuscire a mettere le mani sul potere che Nicol custodisce, insieme ad altri Sei guerrieri, chiamati Maestri della Luce.
Chi saranno questi valorosi guerrieri? E perché Kyubey vuole il loro potere?
3~2. Guerra per Crystallia: Yusei insieme alla famiglia Arclight scopre un Segreto sconvolgente, che cambierà la storia del tutto. Un Segreto che riguarda Nicol e che le cambierà totalmente la vita, a lei e anche ai suoi amici.
4. Guerra tra Divinità: dopo il ritorno da Arysal di Nicol tutto cambia: le regole non valgono più, le Divinità sono diventate quasi tutte corrotte.
Come potrà mai l'universo essere davvero Giusto se coloro che lo difendono, per primi sono corrotti?
Come riuscirà Nicol a riportare la Pace in questo Chaos, che ormai regna incontrastato?
5. Guerra dei Nuclei Oscuri: Kyrlia, la madre di Kyubey è pronta ad agire. Ma cosa vuole davvero, qual'è io suo scopo? Come riuscirà Nicol a salvare i suoi amici, ma sopratutto la persona che ama di più Nash?
