Makoto y compañía quieren repetir la simulación de la isla, existe la posibilidad de que el virus de monokuma se vuelva a reproducir, así que idean un plan para evitar cualquier muerte
Volvio a pasar reencontrandose con quienes murieron 26 estudiantes de los juegos anteriores estan encerrados en la academia nuevas relaciones nuevas amistades seran obligados a matarse entre si