Megaman Zero 5 El comienzo de una nueva era

Ha pasado un tiempo desde la caida y destrucción de Ragnarok, Ciel ya tiene 17 años, y se ha dado cuenta antes de todos los acontecimientos de Zero y otras cosas más.
Ciel y algunos de sus conocidos ya tienen otra base para resguardarse ellos y unos humanos más, similar a la base en la que estaban antes de que se trasladaran con el camión.
Ciel no sabe que se va a aproximar una amenaza, y por su mala suerte, no se encuentra nadie para defenderla.
Pero, ella tomará una medida para defender a todos, junto con si misma

Y luego, habrá un regreso milagroso que no se esperaba.