Shan est un jeune homme américain qui aime bien le sport Parkour. Il vit non loin de la banlieue de Boston, seul avec son père. Sa mère est partie vivre en Chine, quand il avait cinq ans. Il va découvrir après une rencontre inattendue, que sa mère est en fait la gardienne d'un endroit ancestral japonais, où ont été formés les ninjas les plus héroïques de l'histoire. Shan va se lancer dans une longue quête pour découvrir le passé de sa mère, et essayer de la rejoindre - le Parkour va beaucoup l'aider. Mais attention, il ne faut rien en dire à son père...