La historia se centra en un ex soldado y físico nuclear apodado Nekros, que es incriminado y acusado de haber cometido traición en contra de sus país, revelando información confidencial a los comunistas chinos. Pero en realidad todo es una treta para silenciarlo, luego de que él descubriera las verdaderas intenciones de una empresa llamada Vault-Tec, que después de enterarse de sus planes de liberar aquella información a la prensa, Nekros es amenazado y obligado a aceptar un trato donde lo encarcelaran en un refugio prototipo en el que se le realizaran diversos experimentos en contra de su voluntad.
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