Ruby dan Sapphire merupakan dua orang yatim piatu yang orang tuanya terbunuh sesaat setelah kelahirannya oleh Rei. Mereka berdua lalu dibawa ke dunia Intensia yang jauh sekali dengan dunia aslinya sebagai penyihir. Pada usia 12 tahun, Ruby dan Sapphire dijemput kembali oleh Jean sebagai utusan dari kepala sekolah Academy of Zodiac. Mereka dibawa ke pelabuhan untuk di tes terlebih dahulu kemampuan Ruby dan Sapphire tentang sihir. Pertarungan mereka hampir menelan nyawa jika tidak langsung dihentikan oleh Frisian, kepala sekolah akademi. Selesai mereka berkenalan sambil melakukan tes, mereka dibawa ke akademi. Akan tetapi, mereka harus memiliki tongkat sihir terlebih dahulu agar dapat masuk ke akademi. Di akademi mereka bertemu dengan beragam orang-orang hebat yang seusianya. Mereka berteman dengan Alicia, Edward, dan Edna. Akan tetapi, mereka terlihat mencurigakan dan selalu mengawasi keberadaan Ruby dan Sapphire. Ruby dan Sapphire merasa tidak nyaman dengan kondisinya di akademi, makanya dia mulai mencari tahu seluk beluk akademi. Mereka selalu berpergian malam-malam dengan menggunakan sihir menghilang. Tidak ada yang mengetahui secara pasti kepergian mereka. Mereka akhirnya menemukan tempat itu. Mereka bertemu dengan Dark Resonator dan akhirnya mereka dibawa ke rumah sakit selama 1 bulan. Edna, Edward, dan Alicia menemukan hal baru. Mereka memecahkan masalah dan teka-teki sedikit demi sediikit. Penyelesaian teka-teki berakhir setelah professor Onsen memberitahukan tempat zodiak ke-13. Mereka berhasil mendapatkan informasi dan tahu apa yang diincar olehnya, yaitu Revival.