El cataclismo cedió ante el poder de nuestros héroes, dejando así, al reino de Hyrule en una absoluta época de paz y prosperidad. Sin embargo, el Clan Yiga se opuso a aceptar la derrota de quien iba ser su nueva figura a seguir y líder supremo, Ganon. Por ende, se siente la sed de venganza por parte de ellos hacia aquel héroe con la espada capaz de doblegar la oscuridad. Por otro lado, Link al fin podía tener tiempo para sí, sin tener que estar pendiente del mal que solía acechar la oscuridad. ¿Qué nuevas aventuras le preparará el destino?