Ketika itu setelah peristiwa The Avengers, Tony Stark membuat beberapa Armor of Iron Man di rumahnya. Hobinya itu memunculkan perselisihan dengan kekasihnya, pimpinan Stark Industries yang baru Pepper Potts. Dalam kilas balik ke Tahun Baru 1999, Stark dan ilmuwan Maya Hansen dengan sombong menghindari ilmuwan Aldrich Killian yang meminta bantuan Stark untuk mengembangkan usahanya, Advanced Idea Mechanics. Di Amerika Serikat masa kini, serangkaian pengeboman yang dilakukan teroris Mandarin memusingkan para agen intelijen karena tidak adanya bukti forensik. Setelah kepala keamanan Stark Industries Happy Hogan menjadi korban salah satu serangannya, Stark bangkit dan mengancam Mandarin lewat televisi. Mandarin menanggapi dengan menghancurkan rumah Stark menggunakan helikopter bersenjata. Potts dan Hansen, yang datang untuk memperingatkan Stark, selamat dari serangan itu. Begitu pula Stark yang baru sadar dirinya berada di pedesaan Tennessee setelah program kecerdasan buatan JARVIS melaksanakan rencana penerbangan yang ia susun sebelumnya untuk melacak Mandarin. Tenaga baju tempur uji coba milik Stark tidak cukup untuk pulang ke California, sehingga dunia meyakini Stark tewas. Bersama Harley, bocah berusia 10 tahun yang serba ingin tahu, Stark menyelidiki sisa-sisa ledakan di kota itu yang mirip dengan serangan Mandarin di Los Angeles. Ia menemukan bahwa ledakan tersebut dilakukan oleh tentara dari program Extremis, uji coba yang memungkinkan penggunanya pulih dari cedera parah. Akan tetapi, jika metabolisme tubuh pengguna tidak mampu menyerap Extremis, tubuhnya akan panas dan meledak. Setelah para veterannya mulai tidak stabil dan meledak, kematian mereka dipakai untuk menutupi kegagalan Extremis dengan menyusun plot teroris. Stark pertama kali melihat Extremis ketika agen Mandarin, Ellen Brandt dan Eric Savin, menyerangnya.