Quand Monroe, l'informaticien du lycée, proposé à Owen d'utiliser l'Animus-une machine permettant d'explorer le passé de ses ancêtres-, l'adolescent y voit le moyen de connaître enfin la vérité sur son père, mort en prison. Au cours de l'expérience, Owen découvre l'existence d'une ancienne et puissante relique dont veulent à tout prix s'emparer deux organisations secrètes: la Confrérie des Assassins et l'Ordre des Templiers. Montre réunit alors Owen et cinq autres adolescents et les envoie à New York, pendant la guerre de Sécession, avec un objectif: récupérer la relique. Bientôt, chacun de retrouve projeté dans le corps de l'un de ses ancêtres, Templier ou ASSASSIN...