Samurai Trill se passa em um período fictício e histórico de 1912, misturando samurais, a cultura hip-hop com elementos reais da época. A história retrata os acontecimentos de Hollen, um país que vive um tenebroso período pós-guerra. A trama é contada em uma narrativa histórica referente ao declínio da sociedade daquele país na perspectiva de algumas figuras, tais como: um garoto que percorre o país em busca de seus amigos; uma assassina trabalhando a mando de uma organização criminosa e um grupo de samurais andarilhos. Os personagens narrados viveram anos próximos ao mal desempenho do país na guerra, onde a nação se quebrou e afundou em uma forte crise. Na frequência destes eventos, o país fora rompido ao meio, sendo dividido territorialmente em duas partes. Coincidentemente, algumas mortes de pessoas do governo começam a surgir, preocupando a força militar de Hollen. O nome "Ameaça Sem Rosto" é citado como tal assassino; e este é comparado com os laboratórios clandestinos recém-descobertos em uma investigação paralela. O nome "Trill" faz menção à junção das palavras "true" e "real", no dialeto hip-hop. Homenagem ao produtor musical Nujabes, pioneiro