APTX 4869

Endou Mamoru dan Mutou Yuugi, dua sahabat sejak kecil yang tinggal di kota yang berbeda ini ingin melakukan reuni. Tapi malah menyaksikan orang orang berpakaian hitam membunuh seseorang dan mereka dapat imbas nya.

Mereka menyusut menjadi anak berusia 7 tahun. Kondisi Mamoru yang memang lemah sejak lama harus bertambah lemah karena APTX 4869 itu. Disamping itu mou hitori no Yuugi ikut menyusut dengan tubuh baru.

Yuugi dan mou hitori no Yuugi berusaha untuk menjaga Mamoru sampai mereka bisa mendapatkan tubuh mereka lagi. Yuugi membawa Mamoru dan mou hitroi no Yuugi pergi jauh dari Domino City dan Inazuma Town.

Mereka pergi ke distrik Beika di Tokyo. Disana Yuugi memperkenalkan Mamoru dan mou hitori no Yuugi kepada Hiroshi Agasa. Awalnya mereka bertemu Haibara Ai yang membuat mereka kesal setengah mati.

Mamoru hanya diam dan menyaksikan mereka. Pikiran nya melayang entah kemana. Yuugi yang menyadari itu langsung bertanya. Dan jawaban Mamoru sangat mengejutkan semua orang. Apa kah yang dikatakan Mamoru pada mereka? Kenapa mereka terkejut?